基因芯片数据量已经超过客户分析范围，均需要借助一些专业软件来进行统计分析。如何能够挖掘大数据量？获得更优质的数据分析结果呢？我们建立专题来进行讨论。

生物数据分析相关软件大全

测序??峰图转化  Phred/Phd2Fasta ；载体屏蔽  cross_match 36；序列聚类拼接；引物设计 Primer3

序列的比对

全局比对 ??Clustalw ；MUSCLE ；HMMER

局部比对 ??Blast ；blat ；blastz ；GeneWise ；Fasta ；Exonerate ；Sim4

重复序列分析??RepeatMasker；Trf ；LTR_STRUC

RNA分析 ??Glimmer ；GlimmerM ； Genscan ；TwinScan ； BGF ；Fgenesh ； InterproScan ； WEGO

SNP分析 ??Polyphred ；SNPdetector ；cross_match

进化分析专题??Phylip ；Paml ；KaKs_Calculator ； FGF ；mega

基因表达分析专题 ??EST(Expressed  Sequence  Tag)表达序列标签分析； EST分析流程；EST  Pipeline(BEP)

生物芯片(Microarray)分析??Motif预测 ；MEME/MAST系统； MDScan

蛋白质结构预测??Threading方法

生物学相关网址

功能基因组分析

Transcription profiling  technologies??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html

Protocols for cDNA array technology  ??http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html

Data management and analysis of gene expression arrays??http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML

GeneFilters^TM(Research Genetics)??http://www.resgen.com

Gene Discovery Arrays (Genome Systems)??http://www.genomesystems.com

Atlas^TM Arrays (CLONTECH)??http://www.clontech.com 

BioEdit ??http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html

Primer3（PCR引物设计）??http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi

Putative DNA Sequencing Errors Check??http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/

多种数据库、分析工具和生物信息学机构??http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools

多种数据库和分析工具??http://www.ebi.ac.uk/Tools/

Comparative sequence analysis??http://www.bork.embl-heidelberg.de/